PCR 반응의 뛰어난 특징은 큰 증폭 능력과 매우 높은 감도입니다.PCR 성능과 검출 효율을 향상시키기 위해 PCR 증폭 능력과 검출 민감도를 향상시키기 위해 노력하고 있지만 골칫거리는 실험 과정에 있습니다.가양성이 자주 발생하며, 미량의 시료 교차 오염이나 PCR 산물 오염으로 인해 실험에서 가양성이 발생할 수 있습니다.
5가지 유형의 PCR 산물 오염
PCR 오염에는 여러 가지 이유가 있으며 대략 다음 범주로 나눌 수 있습니다.
검체오염은 주로 검체를 채취하는 용기의 오염에 의하여 발생하거나 검체를 넣었을 때 밀봉이 느슨하여 용기 밖으로 새어 나오거나 검체가 용기 외부에 달라붙어 교차오염을 일으키는 경우;오염은 표본 사이의 오염으로 이어집니다.일부 미생물 표본, 특히 바이러스는 에어로졸과 함께 퍼지거나 에어로졸을 형성하여 상호 오염을 일으킬 수 있습니다.
주된 이유는 PCR 시약을 준비하는 동안 샘플 건, 용기, 이중 증류수 및 기타 용액이 PCR 핵산 템플릿에 의해 오염되기 때문입니다.
복제된 플라스미드를 양성 대조군으로 사용하는 분자 생물학 실험실 및 일부 실험실에서는 복제된 플라스미드 오염 문제도 일반적입니다.단위 부피당 클로닝 플라스미드의 함량이 상당히 높고 정제 과정에서 더 많은 도구와 시약이 필요하고 살아있는 세포의 강한 성장 및 번식 능력으로 인해 살아있는 세포의 플라스미드가 오염될 가능성이 매우 높기 때문입니다.
증폭된 산물의 오염은 PCR 반응에서 가장 흔한 오염 문제입니다.PCR product의 copy 수는 PCR detection copy number의 한계보다 훨씬 높은(일반적으로 1013 copies/ml) 많기 때문에 소량의 PCR product 오염도 위양성(False positive)을 유발할 수 있습니다.
에어로졸 오염은 PCR 산물의 가장 가능성이 높은 오염 형태이며 간과하기 가장 쉬운 것이기도 합니다.액체 표면과 공기 사이의 마찰에 의해 형성됩니다.일반적으로 에어로졸 오염은 뚜껑을 열 때, 샘플을 흡인할 때 또는 반응 튜브를 세게 흔드는 경우에도 형성될 수 있습니다.계산에 따르면 에어로졸 입자는 48,000개의 복사본을 포함할 수 있으므로 이로 인한 오염은 특별한 주의가 필요한 문제입니다.
특히 검사실에서는 특정 유전자를 검사하기 위해 동일한 프라이머 쌍을 사용하는 경우가 많습니다.시간이 지남에 따라 실험실 공간에서 대량의 PCR 제품 오염이 발생합니다.이러한 오염은 한번 발생하면 단시간에 제거하기 어렵습니다.
처음 세 가지 유형의 오염에 대해서는 효과적인 방지 수단을 사용할 수 있지만 PCR 제품으로 인한 오염은 특히 비표준 PCR 실험실 건설에서 방지하기 어렵습니다.PCR 과정에서 피펫 팁이 액체를 빨아들이고 불어서 PCR 튜브 덮개를 열면 에어로졸이 형성됩니다.에어로졸에 의해 운반되는 DNA 분자(하나의 에어로졸은 수만 개의 DNA를 운반할 수 있음)는 공기 중에 떠다니기 때문에 제거하기 어렵습니다.다음 라운드의 PCR 실험이 도입되면 필연적으로 위양성이 발생합니다.
아래 그림과 같이 음성 대조군도 해당 관심 대역을 증폭했습니다.
PCR 오염 및 예방에 대한 이번 호의 첫 번째 부분이 여기에 소개됩니다.다음 호에서는 "PCR 산물 오염 방지" 2부로 찾아뵐 예정이니 많은 관심 부탁드립니다!
게시 시간: 2017년 7월 25일
